Tandis que l'Europe et l'Amérique du Nord sont en proie à une grave crise économique, la Société Générale tente plusieurs investissements en Amérique du Sud. Elle se voit confier par le gouvernement péruvien l'exploitation du port de Callao, débouché maritime de Lima. Mais l'instabilité politique du Pérou, la guerre qui l'oppose au Chili, la remise en cause systématique par les gouvernements successifs des accords financiers et juridiques, la mise en liquidation d'un partenaire et même un raz-de-marée... rendent difficile cette exploitation. 

À la même époque, la Société Générale s'associe à ce qu'on appelle le « contrat du siècle » puis l'« affaire du guano ». Un homme d'affaires, Auguste Dreyfus, obtient en 1869 le monopole sur la vente de guano péruvien en Europe. Il s'agit de verser 365 millions de francs pour une valeur à la revente de 625 millions. Afin de rassembler les sommes nécessaires à cet investissement, Dreyfus s'associe avec la Société Générale et d'autres partenaires. Mais là encore, des turbulences politiques et juridiques avec les associés et le gouvernement péruvien finissent par déboucher sur un manque à gagner.